Co zrobić po zmianie kwalifikacji robót remontowych na nakłady modernizacyjne

Po kontroli skarbowej w spółce z o.o. podatku dochodowego za 2002 r. usunięto z kosztów nakłady remontowe, kwalifikując je jako nakłady inwestycyjne na modernizację istniejącego środka trwałego. Wyliczono zaległość podatkową oraz odsetki. Spółka uznała to za błąd. Czy nakłady powiększą wartość środka trwałego? Z jaką datą wystawić OT? Czy mamy prawo do amortyzacji za poprzednie miesiące, czy od otrzymania decyzji? Jeżeli za poprzednie miesiące, czy stanowi ona koszt uzyskania przychodu?