Jak dokumentować wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów

Jestem właścicielem przedsiębiorstwa handlowego. Po rozwinięciu działalności, co było możliwe dzięki otrzymaniu dotacji, zaczęliśmy sprzedawać towary do innych krajów Unii Europejskiej. W związku z tym rozliczam wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów. Organ podatkowy ostatnio jednak zakwestionował możliwość stosowania przeze mnie stawki 0%, wskazując, że nie przedstawiłem wszystkich dokumentów potwierdzających dokonanie dostawy, o których mowa w ustawie o VAT. Co w takim przypadku powinienem zrobić? Czy muszę opodatkować taką dostawę stawką właściwą dla sprzedaży prowadzonej w Polsce?