Jak rozliczyć sprzedaż budynku, którego podatnik jest współwłaścicielem

Osoba fizyczna prowadząca działalność gospodarczą na zasadach ogólnych (KPiR, czynny podatnik VAT) w swojej działalności wykorzystuje budynek, przy zakupie którego nie przysługiwało odliczenie VAT (budynek ten stanowi jego własność w 1%, pozostałe 99% stanowi własność małżonka, między małżonkami istnieje rozdzielność majątkowa). Podatnik wykorzystuje część budynku stanowiącego własność małżonka na podstawie umowy użyczenia. W omawianym budynku podatnik poniósł nakłady, od których odliczył VAT. 1% nakładów podwyższył wartość jego udziału, a pozostała część została rozliczona jako inwestycja w obcym środku trwałym oddanym do użytkowania w październiku 2003 r. Obecnie małżonkowie chcą sprzedać budynek razem z dokonaną w nim inwestycją. Czy należy opodatkować VAT sprzedaż tego budynku i jak rozliczyć ją w KPiR?